La collecte des poissons marins a été réalisée selon un plan d’échantillonnage établi par l'un des partenaires (ANSES Maisons-Alfort) et grâce à la participation des différents partenaires aux campagnes de recherche scientifique en mer d’Ifremer, auprès de scientifiques embarqués, et grâce à l’achat de poissons auprès des pêcheurs et mareyeurs à terre. Au total, 9 membres du réseau Fish-Parasites ont embarqué sur 7 campagnes Ifremer pour un total de 115 jours passés en mer et 817 poissons échantillonnés. Pour compléter ces collectes en mer, des échantillonnages ont été réalisés auprès de mareyeurs, pêcheurs et pisciculteurs, pour un total de 969 poissons marins. Au total, 1786 poissons d’origine marine ont été échantillonnés par le réseau Fish-Parasites sur une période d’environ 30 mois.

De plus, 138 poissons d'eau douce (dont 62 du lac Léman, 51 du lac du Bourget et 25 du lac d'Annecy) ainsi que 1026 filets de perches (dont 950 du lac Léman et 76 du lac d'Annecy) ont été examinés pour la présence de parasites du genre Diphyllobothrium (encore appelé le ténia du poisson).