Les poissons sont inspectés minutieusement à la recherche de parasites externes (ectoparasites des branchies, de la cavité buccale ou du tégument) puis disséqués à la recherche de parasites internes (endoparasites). Cette dissection a lieu à bord ou dans les différents laboratoires partenaires (Ifremer Nantes, ANSES Boulogne s/mer, PFI Nouvelles Vagues).

Les manipulations suivantes sont réalisées selon un protocole standardisé:

• Identifier l'espèce de poisson
• Peser, mesurer le poisson
• Isoler et numérer les parasites en notant l'organe d'origine
• Préserver les parasites (éthanol 70%, détection moléculaire des Anisakidés et autres helminthes)
• Préserver le contenu intestinal dans du potassium dichromate aqueux (K₂Cr₂O₇) à 2,5% (préserve la viabilité des oocystes de Cryptosporidium spp.)
• Effectuer un grattage de la muqueuse intestinale et stomacale en RCL2 (détection moléculaire de Cryptosporidium spp.)
• Prélever un morceau de muqueuse intestinale et stomacale en formol 10% tamponné pour études histologiques ultérieures
• Stocker les filets à -20°C dans l'attente de la digestion pepsique (isolement des larves d'Anisakidés résistantes à la digestion)